Helena Freitas doutorou-se em Ecologia pela Universidade de Coimbra, em colaboração com a Universidade de Bielefeld, Alemanha, em 1993, e realizou um pós-doutoramento na Universidade de Stanford, EUA, entre 1994 e 1996. É Professora Catedrática na área da Biodiversidade e Ecologia no Departamento de Ciências da Vida da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra desde 2003, e detentora da Cátedra Unesco em Biodiversidade e Conservação para o Desenvolvimento Sustentável desde 2014 (http://unescobiodiversitychair.uc.pt/?lang=en).

Foi Vice-Reitora da Universidade de Coimbra entre 2011 e 2015, com o pelouro das Relações Institucionais, Museus e Desporto. Entre 23 de outubro de 2015 e 10 de março de 2016 foi deputada e vice-presidente do Grupo Parlamentar do Partido Socialista.

Entre 10 de Março de 2016 e 18 de julho de 2017 foi Coordenadora da Unidade de Missão para a Valorização do Interior, tendo coordenado o Programa Nacional para a Coesão Territorial (www.pnct.gov.pt, Diário da República n.º 226/2016, Série I, de 2016-11-24).

Helena Freitas integrou o Conselho Geral da Universidade de Coimbra (2009-2011), foi Diretora do Jardim Botânico da Universidade de Coimbra de 2004-2012, tendo elaborado e  coordenado o seu programa de requalificação,  Presidente da Liga para a Proteção da Natureza (1999 – 2002), primeira Provedora do Ambiente e Qualidade de Vida da cidade de Coimbra (2002 – 2005), fundadora e Presidente da Sociedade Portuguesa de Ecologia (2004 – 2013) e Vice-Presidente da Sociedade Europeia de Ecologia (2009 – 2012). Foi Coordenadora Geral do Parque de Serralves (Julho de 2020 – Dezembro de 2021). É Diretora do Parque de Serralves desde Janeiro de 2022.

Foi fundadora e é coordenadora da unidade de I&D Centre for Functional Ecology – science for people and the planet (cfe.uc.pt), fundadora e coordenadora científica do FitoLab – Laboratório de Fitossanidade do Instituto Pedro Nunes (www.ipn.pt/laboratorio/fitolab), é membro da Direcção do Laboratório Associado TERRA – Laboratório para a Sustentabilidade do Uso da Terra e dos Serviços dos Ecossistemas, aprovado em 2021, e integra o Conselho Científico do Departamento de Ciências da Vida da Universidade de Coimbra. Em Julho de 2019 foi selecionada para o Mission Board for Climate Change Adaptation, including Societal Transformation da Comissão Europeia e em Agosto de 2019 foi nomeada Ponto Focal de Portugal para o IPBES – Intergovernmental Platform for Biodiversity and Ecosystem Services. É membro do Expert Advisory Group EUCRA – European Climate Risk Assessment

As áreas científicas de especialidade relacionam-se com: Ecologia; Ecossistemas Mediterrânicos; Floresta e Agricultura; Ecologia e Gestão de espécies exóticas e invasoras; Conservação da Natureza, Biodiversidade; Fisiologia da árvore; Diversidade de Plantas e Fungos; Tolerância ao Stress e Bioremediação; Política ambiental; Agroecologia; Conservação da Natureza; Ecologia microbiana; Ecologia e Sociedade.

É coordenadora ou participante em vários projetos e consórcios nacionais e internacionais, incluindo o Millennium Ecosystem Assessment. Orientou ou coorientou 34 teses de doutoramento e 19 dissertações de mestrado.

É autora em mais de 300 publicações científicas internacionais e várias obras de promoção e divulgação da ciência. Publica regularmente na imprensa nacional e regional, em particular sobre ambiente, territórios e sociedade, planeamento e políticas de desenvolvimento com base no conhecimento (ex.: www.publico.pt/autor/helena-freitas; www.industriaeambiente.pt/autores/helena-freitas; Jornal do Fundão e Diário de Coimbra).

Em março de 2000 foi-lhe atribuída a Comenda da Ordem do Infante D. Henrique pelo Presidente da República Portuguesa Jorge Sampaio.

Em Novembro de 2022 recebeu o Prémio “Portugal Inspirador” – Personalidade do Ano na categoria Sustentabilidade (Santander).